Bu çalışma, SPIN1 geninin pan-kanser perspektifinden rolünü araştırmayı amaçlamaktadır
10.967 TCGA pan-kanser örneğinden elde edilen genomik veriler kullanılarak SPIN1’in mutasyon profili, ifade desenleri, protein etkileşimleri, ilaç duyarlılığı ve sağkalım ilişkileri analiz edildi. Mutasyonların işlevsel etkileri PolyPhen-2, SIFT, Mutation Assessor, AlphaMissense ve MUpro araçlarıyla değerlendirildi. Ekspresyon ve sağkalım verileri TIMER2.0 ve GEPIA’dan, ilaç duyarlılığı verileri GSCALite’tan, protein-protein etkileşim verileri ise STRING ve GeneMANIA’dan elde edildi
TCGA pan-kanser kohortunda SPIN1 geninde toplam 52 somatik mutasyon saptandı; bunların 44’ü missens mutasyon olup tüm varyantların %84,6’sını oluşturdu. Genel somatik mutasyon frekansı yaklaşık %0,4 olarak hesaplandı. Mutasyonların önemli bir kısmı, epigenetik düzenleme ve DNA hasar yanıtı ile ilişkili intrinsik düzensiz bölge (IDR) ve Tudor domenlerinde kümelendi. İn siliko stabilite analizleri, özellikle p.R158H ve p.I253M varyantlarının protein kararlılığında belirgin azalma ile ilişkili olduğunu gösterdi. Ekspresyon analizlerinde SPIN1’in AML, meme, mide, karaciğer, akciğer, pankreas ve özofagus kanserlerinde anlamlı derecede artmış olduğu belirlendi; artmış ekspresyon birçok kanser türünde olumsuz prognoz eğilimi ile ilişkiliydi. Protein-protein etkileşim analizleri, SPIN1’in histon H3 varyantları ve SPIN ailesi proteinleri ile güçlü fonksiyonel bağlantılar sergilediğini ortaya koydu
Bu bulgular, SPIN1’in kanser biyolojisinde önemli bir düzenleyici olduğunu ve gelecekteki kanser tedavileri için potansiyel bir hedef olabileceğini göstermektedir.